肠胃消化不良可以在医生指导下吃益生菌、促肠胃动力药、以及健脾和胃、理气通降的中药。
益生菌能够提高肠道对营养物质的吸收和消化，同时增强肠道系统的免疫功能；枯草芽孢杆菌能够帮助食物消化，减少消化系统疾病出现；乳酸菌能促进胃肠对蛋白质，乳糖等营养物质的吸收，促进肠道蠕动，增加肠道益生菌，改善消化不良症状。
促胃动力药代表药物有多潘立酮片、莫沙必利片、伊托必利片等。多潘立酮可作用于上消化道的胃动力，而莫沙必利、伊托必利属于全消化道动力药范畴，不仅能够促进胃部动力，对于肠道蠕动也发挥一定作用，肠胃动力增加，加快肠胃蠕动，促进消化。
中医认为消化不良基本病机为脾虚气滞、胃失和降，治疗原则为健脾和胃、理气通降。
