儿童益生菌的服用时间因人而异，一般建议在餐后0.5-1个小时服用益生菌，尽量减少胃酸和胆汁对益生菌影响，从而达到最佳效果。家长还需注意给儿童服用益生菌时不可用开水冲泡或使用温度过高的水，否则会导致益生菌活性降低或杀灭 。

刚开始吃儿童益生菌的1-4周，也就是前一个月，是益生菌同肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争的时期。 竞争项目包括营养竞争及生存空间竞争，这一过程无疑是激烈的，所以为了让益生菌们更好更快的“占领高地”，刚开始吃益生菌的这一个月，妈妈们最好要坚持每天给孩子补充儿童益生菌。 另外有的小朋友可能在这一阶段可能会出现肚子涨的现象，这是因为有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，刺激孩子肠道导致的。 不过妈妈们也不用惊慌，这一现象在学术上称为“赫氏消亡反应”，一般不会持续太久，用量减半后几天内会消失。